حدود دو هزار سال پیش از میلاد مسیح، سرزمین هندوکش (افغانستان) مورد هجوم اقوام آریایی که از دره‌های پامیر سرازیر شده بودند قرار گرفت و به تصرف این اقوام در آمد. روشن نیست پیش از تهاجم آریایی‌ها چه کسانی در این سرزمین ساکن بوده‌اند. بطلمیوس و دیگر جغرافی‌دانان باستان از سرزمینی که در جنوب هندوکش بین کویر نمک ایران در غرب و رود سند در شرق واقع بوده، به نام «آریانا» یاد کرده‌اند. مردم افغانستان و ایران دارای فرهنگ و تاریخ و نژاد و زبان و دین مشترک هستند . تاریخ این مردم یکی است و نمی توان برای یکی از آنها مصادره کرد .

قدیمی‌ترین اثر مکتوبی که در آن از سرزمین هندوکش ذکر به عمل آمده، اوستا کتاب مقدس زرتشت است.

کوشانیان

در قرن اول میلادی، قبایل صحراگرد یوئه-چی که از جانب شمال وارد باکتریا شده بودند یونانی‌ها را تارومار کرده، باکتریا را تصرف نمودند و سلسلهٔ کوشان را بنا نهادند. کوشانی‌ها که تجربهٔ حکومت نداشتند، امپراتوری خویش را بر ویرانه‌های امپرتوری یونانی بنا نهاده و دوباره سکه‌های یونانی و حتی الفبای یونانی را متداول ساختند.

کوشانیها تا اواسط قرن اول میلادی شهرهای کابل و قندهار را نیز تسخیر کرده و امپراتوری خویش را وسعت بخشیدند. در این دوران دین بودایی نیز توسط آشوکا به این سرزمین وارد شد. در دوران حکمرانی کانیشکا، مبلغان آئین بودایی از طریق آسیای مرکزی به چین سفر نموده و در پخش و اشاعهٔ این آیین تلاشهای زیادی کردند. دورهٔ کوشانی‌ها را می‌توان دورهٔ تمدن جدیدی برای افغانستان محسوب کرد: این خاندان در پیکرتراشی پیشرفت‌های بسیاری کرد و بت‌های ۳۵ و ۵۳ متری بامیان که توسططالبان نابود شدند از یادگارهای همین دوره بودند. خاندان کوشان در حوالی سال ۲۲۰ میلادی، زمانی که خاندانهای کوچکی اینجا و آنجا سر بلند کرده و برخی از نقاط را تصرف نمودند منقرض گشت. انقراض خاندان کوشانی پایان یک عصر یا دورهٔ شکوفایی فرهنگی و هنری بود که دیگر هیچگاه در افغانستان تکرار نشد.

یفتالیان

در اواخر قرن چهارم و اوایل قرن پنچم میلادی، پس از سقوط کوشانیان کوچک، دولتی در افغانستان پدید آمد، که در تاریخ بههیاطله یا یفتالیان مشهور اند. یفتالی‌ها از قوم هیوانگ نو یا هون‌ها بودند که بر اثر جنگ با چینی‌ها از آنها شکست یافته و شاخه‌ای از آنان با آتیلا به طرف اروپا رفته و شاخه‌ای دیگر در ایالت بدخشان افغانستان امروزی ساکن شدند و دولت یفتالی را تشکیل دادند.

حملهٔ مسلمانان

در سال ۴۷ هجری قمری (۶۶۷ میلادی) اعراب از طریق هرات از آمودریا گذشتند، ولی تا سال ۹۱ هجری قمری (۷۰۹ میلادی) که بر سرزمینهای باکتریا و ورارود مسلط شوند با مقاومت شدید مردم روبرو شدند و در برخی موارد تلفات سنگین جانی را نیز متحمل شدند. در کابل اعراب با ایستادگی جوانی بنام رستمداد کابلی روبرو شده چندین شبانه روز در محاصره ماندند، آخر قوای تازه دم اعراب تحت فرماندهی یکی از سرداران عرب به نام لیس ابن قیس معروف به شاه دوشمشیره به کمک سپاهیان رسیدند.

غوریان

در سال ۵۳۵ هجری قمری (۱۱۴۰ میلادی) غوریان شهر با شکوه غزنی را که زمانی لقب عروس شهرها را داشت به تصرف خود درآوردند. علاالدین غوری معروف به جهانسوز این شهر زیبا را به آتش کشیده اجساد سلاطین غزنوی مگر محمود و پسرش مسعود را از قبرها بیرون کشید و سوزاند.

غوریان که همواره خواب رسیدن به سرزمین زرخیز هندوستان را می‌دیدند، بعد از ویران ساختن غزنی در اسرع وقت رهسپار هندوستان شدند. یکی از غلامان ترک غوریان بنام قطب الدین تخت و تاج دهلی را تصاحب کرد و پس از وی غلامان ترک به مدت یک قرن این تخت و تاج را در اختیار داشتند.

مغولان

در قرن هفتم هجری قمری (سیزدهم میلادی) یکی از روئسای قبایل مغول بنام چنگیزخان، قوم خود را تحت نظم و انظباطی شدید بصورت نیروی جنگنده‌ای مقتدر در آورد. مهاجمان مغول سوار بر اسپهای تیزتک و ریزاندام از صحرای مغلستان به‌طرف جنوب سرازیر شدند و همچون گردباد توفنده کوهها و دشتهای پیش روی خود را درهم پیچیدند. سرزمین کنونی افغانستان حتی صدسال بعد نیز همچنان اسیر مغولان بود. رهبران محلی عموماً ترکانی بودند که از طرف اربابان مغول خود برای اداره امور این سرزمینها گماشته شده بودند. پس از مرگ چنگیز پسرش اوکتای به جای وی نشست، و آنگاه که امپراتوری مغول تجزیه و متلاشی می‌شد، این سرزمین کوهستانی به هلاکو نوه چنگیزخان واگذار شد.

آل کرت

پس از سقوط مغول‌ها در قرن هشتم هجری‌قمری (چهاردهم میلادی) آل کرت هرات که بازماندگان سلسله غوریان بودند فرصت یافتند در فاصله سالهای ۷۳۳ هجری قمری (۱۳۳۲ میلادی) تا ۷۷۲ هجری قمری/۱۳۷۰ میلادی مستقلاً بر سرزمین خویش حکومت کنند. اما حکومت مستقل ایشان به دست تیمور لنگ، از نوادگان دختری چنگیزخان که قبایل ترک تحت فرمان خود در مقرش در سمرقند به قصد جهانگشایی به حرکت در آورده بود سر نگون شد.

تیموریان

تیمورلنگ چندین بار این سو تا آنسوی هندوکش را زیر سم ستوران خود گذراند؛مشهورترین لشکرکشیهای وی در ۸۰۱ هجری قمری (۱۳۹۸ میلادی) انجام شد که طی آن هندوستان فتح و دهلی غارت گردید، و یکبار دیگر پس از چنگیز این نواحی دستخوش چپاول و ویرانی شد. با مرگ تیمور در سال ۸۰۷ هجری قمری (۱۴۰۵ میلادی)، پسر چهارمش شاه رخ، پس از یکسال جنگ و رقابتهای خانوادگی، حکومت هرات و نیز ماورءنهر را بدست گرفت. وی هرات را به عنوان پایتخت خود بر گزید، حصارهای آن را مرمت و بازسازی کرد و در آن بناهای مجللی ساخت، و این شهر بصورت مرکز مهم سیاسی و بازرگانی منطقه در آمد. در این سالها معماران، نقاشان، علما و محققان و موسیقی دانان مورد تکریم و تجلیل فراوان قرار گرفتند. بزرگ‌ترین هنرمند میناتوریست استاد کمال الدین بهزاد، در حدود سال ۸۴۴ هجری قمری (۱۴۴۰ میلادی) در هرات تولد یافت و در دربارسلطان حسین بایقرا، آخرین شاهزاده‌ای تیموری، زندگی کرد.

بخش اعظم دوره صدساله حکومت تیموریان در افغانستان شاهد رونق و رفاه و پیشرفت این کشور بود. اما امپراتوری تیموریان نیز تدریجا به سوی زوال می‌رفت؛ و یکبار دیگر، با زوال اقتدار فرمانروایان خارجی، مردم و رهبران بومی این سرزمین امکان آن را یافتند که تجدید قوا کنند و برای بذست گرفتن حکومت سرزمین خود سر برآورند. یکی ازین رهبران، شخصی بنام بهلول لودیبود. لودی در سال ۸۵۵ هجری قمری (۱۴۵۱ میلادی) تاج و تخت دهلی را نیز تصاحب کرد و سلسله لودی را که هفتاد و پنج سال دوام کرد تأسیس نمود.

ظهیرالدین محمد بابر بزرگ‌ترین فرزند عمر شیخ شاهزاده تیموری بود که بر فرغانه حکم می‌راند. ولی پس از آن‌که بر جای پدر خود نشست، ترکان ازبک تمامی ملک و موطن وی را تصرف کردند، وی در سال ۹۱۰ هجری قمری (۱۵۰۴ میلادی)، شکست خورده و پریشان، به همراه چند صد نفر از وفادارانش سفری را به امید فتوحات احتمالی آغاز کرد که آخر مؤسس امپراتوری مغولان هند شد. ظهیرالدین مانند جدش تیمور لنگ ترک بود و به ترک بودنش مباهات می‌کرد و همچنان مدعی بود که نوه چنگیزخان است. او شهر کابل رابرای آب و هوای مطبوع و اهمیت بازرگانی و سوق جیشی آن به عنوان مرکز خویش برگزید. بعد از فتح هند دیگر هیچگاه به کابل بر نگشت، اما بنا به وصیت خود، جسدش را بعد از مرگ به این شهر آورده و در باغی که خودش بنام باغ بابر (این باغ تا هنوز به همین نام موجود است) دایر کرده بود منتقل و دفن نمودند. پس از مرگ بابر ستاره اقبال امپراتوری تازه تأسیس یافته مغول برای مدت بیست سال در حضیض بود. یکی از بسته گان لودیها شخصی بنام فرید شیر شاه سوری تخت و تاج هند را از همایون فرزند و جانشین بابر تصاحب نمود، و سلسله‌ای را بنام سوریها را بنیان گذاشت. همایون مدت پانزده سال در تبیعد بسر برد و عاقبت به کمک ایران قندهار و کابل را دو باره بدست آورد. در سال ۹۶۲ هجری قمری(۱۵۵۵ میلادی، دهلی را نیز دوباره به کف آورد. اکبر شاه پسر همایون بعد از پدرش به تخت نشست و امپراتوری مغولان هند را دوباره تثبیت ساخت. اکبرشاه بسال ۱۰۱۴ هجری قمری (۱۶۰۵ میلادی)، چشم از جهان فرو بست، و پسرش جهانگیر بر جایش نشست. در این دوره‌است که باز رهبران محلی اینجا و آنجا سر بلند کرده از هر طرف صدای استقلال خواهی بگوش می‌رسد. در دوره حکومت شاه جهان، شاعر جنگجوی مشهور پشتون بنام خوشحال خان ختک از کوههای سلیمان سر برآورد. خوشحال در چندین مصاف با مغولان جنگید. شاه جهان حکومت پشاور را به خوشحال خان بخشید، اما اورنگزیب بعد از آنکه پدرش شاه جهان را خلع و خود بر مسند امپراتوری مغول تکیه زد تمام صلاحیتهای خوشحال را محدود نموده آخر او را به زندان افگند. حکومت طولانی اورنگزیب همراه با شورشهای مداوم قبایل پشتون مواجه بود؛ خوشحال خان در گروگان سپاهیان مغول بود و ایشان هم همواره تلاش می‌کردند تا شورش قبایل را سرکوب نمایند، او حتی در زندان نیز عمیقترین انزجار و تنفر خود را توسط اشعارش نسبت به مغولان تبارز می‌داد. خوشحال بعد از دوسال از زندان رها شد و بقیه عمر خود را در مبارزه علیه ایشان سپری نمود، او همیشه سعی می‌کرد تا اقوام پراگنده پشتون را علیه مغولان متحد سازد. با مرور زمان شالوده‌های امپراتوری مغولان هند بر اثر سوء تدبیرهای اورنگزیب سست گشت، و این امپرتوری در فاصله کوتاهی پس از مرگ اورنگزیب در سال ۱۱۱۸ هجری قمری (۱۷۰۷ میلادی) تجزیه شد و از هم پاشید. در فروپاشی امپراتوری مغولان هند افغانها بی تأثیر نبودند. طی دویست (دوصد) سالی که مغولان حکومت هند را در دست داشتند، شهرهای مرزی افغانستان از سه سو مورد کمکش و محل منازعه بودند: مغولها از یک سو، ایرانیها از سمت غرب، و ترکان ازبک از سمت شمال. کابل، هرات و قندهار بارها میان این مدعیان متخاصم دست به دست شدند. البته تاریخ افغانستان همواره تحریف گردیده باید توجه داشت که ساتراپ آریانا از اولین ساتراپهای سرزمین پارسی بوده‌است ونمی توان انکار کرد که افغانستان باتوجه به فرهنگ و مخصوصا زبانش همیشه جزیی از ایران بوده‌است که طی عهدنامه پاریس از ایران جدا شد.

در سال ۱۱۲۰ هجری قمری (۱۷۰۸ میلادی) پشتونهای غلزایی سلطه‌ای ایران بر قندهار را برانداختند ؛ در هرات نیز پشتونهای ابدالی همین کار را کردند. با گذشت چند سال این قبایل چنان قدرتمند گشتند که محمود افغان مشهور به شاه محمود هوتکیبر بخش‌های وسیعی از ایران نیز برای مدتی حکم می‌راند. اما از آنجاییکه ایشان قلمرو خویش را بیش از حد توانشان بسط و توسعه داده بودند حکومتشان چندان نپاییذ و بزودی برچیده شد.

احمدخان سدوزایی، یکی از سران قبیله پشتونهای ابدالی از جمله امرای نادرشاه بود. وی چنان مورد اعتماد نادر بود که به فرماندهی نیروی ۴۰۰۰ نفره‌ای محافظ او گماشته شد. در سال ۱۱۶۰ هجری قمری (۱۷۴۷ میلادی) نادر بدست سران سپاه ایرانی خود به قتل رسید احمدخان پس ازین حادثه خود را به قندهار رساند، و در آنجا خود را امیر یعنی رئیس همه‌ای قبایل خواند و حکومت افغانستان را بدست گرفت.